Medycyna naturalna jest coraz mocniej rozpowszechniana. Na temat jej działania prowadzi się wiele rozmów i dyskusji. Polemika związana z medycyną naturalną jest bardzo zaciąta. Zarówno przeciwnicy jak i zwolennicy mają swoje racje i ciężko przekonać ich do innych argumentów.
Pierwszą wadą medycyny naturalnej jest relatywnie mała skuteczność. Lekarze uważają, że działania medycyny naturalnej jest słabe lub wręcz znikome. Lekarze podają racjonalne agrumenty, które przekonują zwykłego człowieka, że środki podawane w medycynie naturalnej mogą być odpowiednie w przypadku profilaktyki, a nie leczenia.
Medycyna naturalna ma również tą ułomność, że w poważniejszych przypadkach w ogóle nie działa. Nie można więc stosować żadnych paramedycznych metod w przypadku ciężkich chorób czy skomplikowanych uszkodzeń ciała. Jest ona wtedy po prostu całkowicie bezużyteczna.
Mówiąc o medycynie naturalnej trzeba wspomnieć o cenach. Właścicie większość środków jest dość tania, ale biorąc pod uwagę na przykład cenę miodu spadziowego w stosunku do rezultatów jakie możemy otrzymać to jest to cena relatywnie wysoka.